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亲军算是朱元璋手下的职业军人，相关的军饷和物资供给，都是由中央朝廷供给，翼元帅府改为卫指挥使司，主要是改组军制，对调军事长官，算是对军队的进一步加强控制。
对于朱元璋的苦恼，孔明使比较理解的，就是如何保持庞大的军事力量，又能养得起这支大军。
历史上的洪武元年，刘伯温上书《军卫法》，建议在全国各地设置军卫，即明朝赫赫有名的卫所制。
实际上应该称为军卫制，因为地方的独立军事单位，是五千六百人左右的卫，而所是卫的下级，只是依据地方所需，设立了百户所、千户所。
对于军卫法，朱元璋非常看好，刚好当时明朝北伐成功，俘虏大量的元朝军队，为了安置这些俘虏，分配到地方建立卫所，正好供给明朝大军。
孔明熟知明朝历史，对于卫所制，认为是时代的必须制度。
元末明初的乱世，也是需要发掘底层民力，便将这套制度说给朱元璋，当然孔明对于这套制度有自已的理解，做了相关的修改，也提出自已的规划意见，经过多人合计，形成了新的卫所制。
朱元璋政权刚建立时，管军的机构就是枢密院，后来改为大都督府，如今又改为枢密院，不得不说挺奇幻的。
在孔明的规划中，枢密院为全国最高军事机构，设枢密使一人，掌管全国戎政军机；枢密副使数人，为枢密使的辅弼官员，负责对军国大事的处理。
枢密副使与平章政事类似，可以是行政或司法系统人员，旨在综合各方意见，即原则上军政法监分离，但是实际事务上，必须多方参与。
枢密院之下，设两大部和多个都督府，两部为参谋部和训导部。
参谋部主官为枢密参谋，负责军事作战的各方面准备工作，包含谋划、天文、地利、军情、医药等。
训导部主官为枢密佥事，工作职责和政委相同，负责军政工作，抓队伍纪律、组织和训练等。
对于这两个部的设置，孔明借鉴解放军四总部的设置，但是总装备部和总后勤部不设。
因为此时军队的物资需求，没有现代化军队那么多，主要就是粮草、军械、战马等，不像现代军队需要各种精密仪器，飞机大炮等也需要高精尖企业才能提供。
于是，枢密院就不需要总装备部和总后勤部，大明军队的需求，分别由兵部、户部、军器监、国贸监提供即可。
除军队需求少的原因外，就是此时通讯手段落后，中央对军队掌控抓手不多，把粮草和军械等供给交给其他体系的部门，有利于对军队的控制。
当然官制规划出来，不可能马上建立完成，把这些权责完整分开，没三十年时间是不可能实现，而孔明的某些计划就是依据这个时间来的。
对地方资源掌控的卫所制，也是有个三十年时间的规划，因此在开国三十年时间中，军队需要的后勤物资，大部分是卫所的军人提供，也就不需要总后勤部和总装备部了。
对于参谋部和训导部的主官名号，孔明从心底讲是不喜欢某某部长的称呼，这个带着浓厚的西方色彩，如果孔明提议叫参谋部长，估计会被人说没文化。
但是如果叫参谋尚书、训导尚书，有感觉不对味。经过多人合计，定名为枢密参谋和枢密佥事。
参谋古来有之，就是谋划军事的人员。
佥事则是金朝的产物，本是辅官的职位，元明清都沿用，明朝卫所体系中，佥事刚好掌训练、军纪，用在孔明的训导部刚好合适。
参谋部和训导部为枢密院对军队的宏观掌控，而都督府则是对军队的细粒度控制，其下设多个部门，对军队进行全面复杂。
都督府类似军区制，这个制度对于中国而言，也是非常久远。
唐朝十大节度使，明朝五军都督府，都是对全国进行军事划区，规定哪些军队需要对哪些地区负责。
