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在总部里面，9s虽然已经被修复，但还需要自行对系统进行调整。
在这个过程中，他突然听到一阵极为诡异的噪音。
为了调查噪音，他黑进了总部的服务器里面。
服务器里面的内容很多，他最先找到的是“器材运输记录”。
他现，总部向月球人类议会搬运的材料大多是空的；
还有“机体保管记录”里面，也存在着一些端倪——关于黑匣子的情报都被破坏了。
然而，让9s最为震撼的，还是他找到了“人类议会计划”的记录。
这个数据原本是严密封锁的，被他强硬地黑进去了。
它的问题在于
原本应该是人类议会召开会议，然后布置寄叶部队去执行；
但是，记录上显示的顺序，却是反过来的。
这意味着——人类议会是寄叶部队设置的。
9s隐约猜测到月球或许根本就没有人类居住，所谓的人类议会，也完全不存在。
这时候，他接到了2B的求援通讯（对方被机械兵信徒困在废弃工厂内）。
切断了服务器的连接后，他前往管理室，操纵终端黑进工厂，来帮助2B和帕斯卡尔。
这个过程中，他变成一个机械兵，通过重重障碍后，为2B打开了电梯闸门。
然后他继续黑进工厂的系统中，控制各道关卡，协助2B逃离工厂。
当2B和帕斯卡尔离开工厂后，9s收到了司令的指令。
两人碰面后，司令询问他为什么黑进了总部的服务器。
9s直接开门见山，质问司令是否根本没有人类和议会。
司令也没有掩饰，直接承认了对方的猜想
原来，人类早在外星人入侵之前，就已经全部灭绝了。
她之所以组建月球人类议会，是想掌控人工智能的未来。
除此之外，她还将记录了真实的旧世界的录芯片交给了9s。
了解到事情的真相后，9s陷入迷茫之中。
“愿人类荣光永存”这句口号，完全成了一个讽刺。
他甚至不知道该怎么和2B解释。
此时，在地面上，夏娃因为哥哥被2B杀死后，开始进行大肆破坏。
9s搭乘机甲，前往废墟都市支援2B。
之后的剧情和之前一样，二人联手打败了夏娃。
9s感染了病毒，2B迫于无奈杀死了他。
他通过将数据转移到附近的机械兵身上，存活了下来。
只不过，在2B掐死9s的过程中，出现了两个红衣小女孩的虚影。
这两个红衣小女孩，之前从未见过。
存活后的9s，在总部得到了重生。
在二周目结局的末尾，2B前往9s的房间拿取一些道具。
9s似乎想将真实的历史告诉2B，但最后还是没说出去，只是提醒对方务必小心。
由于亚当、夏娃两个管理员脱离了网络，机械生命体的指挥系统陷入混乱状态。
寄叶部队打算趁机起总攻，希望能一举夺回地面……
二周目通关后，上官言意识到，仅仅只是换了一个视角，游戏的剧情却几乎完全颠覆。
当人类的存在成为骗局之后，这场人工智能机器人与机械生命体的战争，谁对谁错几乎完全失去了意义。
上官言叹了口气，继续开启三周目的进程——他想知道最后的结局。
总攻起后，先控制2B前往机库，乘上机甲前往地面。
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