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开始二周目后，最初的画面是一对机器人兄弟。
圆圆的脸，大大的眼睛，看着有些可爱。
只不过，哥哥倒在地上，眼睛失去了亮光，俨然已经死亡。
弟弟仍然积极地抢救，跌跌撞撞地提着水桶，去接满机油后回来，倒在哥哥身上。
只不过，终究是白费力气。
这时候，视角拉远，熟悉的声音传来
“你就算再怎么努力，机械兵也不可能做一家人的。”
9s正坐在高处，查看某些数据。
原来，第二周目操纵的不再是2B，而是9s。
他周围的环境，正是那个巨大的工厂。
最开始的任务，是协助寄叶部队解除地面的防空系统。
9s换上机甲，一路杀进防卫系统内部，黑掉了四个终端机。
以9s的视角去游戏，可以动对地方的“黑客攻击”。
此时，界面会变成击倒方块或圆球的小游戏。
完成小游戏后，被黑的机械生命体会受到很高的伤害。
搞定了防卫系统后，9s再次杀出通道，去支援进攻部队。
当他出导弹解决掉那只巨大的机械臂时，熟悉的画面出现了
在2B的注视中，驾驶机甲的9s从空中缓缓降落。
二人相互打了个招呼，恍如初见。
这个画面，和一周目开场时一模一样。
顿时，上官言明白了——原来二周目是以9s的视角，去重新体会一遍剧情。
随着那些熟悉的台词一句句出现，上官言又重温了一遍2B和9s初次相识的场景。
原来，之前2B在工厂里面搜寻时，9s陷在金属通道中，所以那么晚才赶到。
同样的，9s舍身救2B，被巨型机器人击中，落在它背上。
只不过，在他昏迷后，多了一段修复自身系统的过程。
接着，2B开走他的机甲，和头目正面战斗。
他则操纵BoT，解决朝自己冲来的机械兵。
二人合作干掉巨型机器人后，周围又冒出三个同样的大家伙，包围了他们。
于是，他俩取出各自的黑匣子，碰在一起，引了巨大的爆炸……
接下来的画面是在基地中，9s前往2B的房间，协助对方恢复了各项功能。
二人相互介绍了一下，前往指挥中心领了任务后，便一起驾驶机甲飞向废墟都市。
后面的剧情也都大致一样前往反抗军的营地，领取任务后，去沙漠中调查，遇到一个逃跑的机械兵。
只不过，中途多了一段动画，介绍机械生命体遇到火山爆后，突然找到了活下去的意义。
然后是进入沙漠中的城市，遇到大群模仿人类的机械兵，它们组合成巢，孕育出一个银的人造人。
用刀刺穿人造人的胸膛后，它再次复苏，引起建筑物崩塌，迫使2B和9s逃离。
接下来的目的地是游乐场，中途又多了两段画面。
第一段中，2B的poTo42要求9s的poT153开启权限，传输战斗数据；
第二段则是延续了火山爆的动画，讲述机械生命体们找到了宝物-感情，并且每个人都产生了不同的感情。
然后是在游乐园中探险和搜索，与前面的剧情一致。
在和头目-舞姬战斗时，又出现了一段新内容
当舞姬还是“矮丑”的机器人时，试图赢得一个高大帅气机器人青睐，结果遭到了拒绝。
它誓自己会装上很多饰品，让自己变得更漂亮。
当9s消灭了舞姬后，又触了新的记忆
